Bautista Merlini es uno de los pocos jugadores que tuvieron rodaje entre aquellos que San Lorenzo cedió a préstamo para este 2020. El Mago logró asentarse en Guaraní de Paraguay, donde su estadía se vencerá el 1 de enero, aunque ya sabe que su actual equipo no podrá adquirir parte de su ficha y deberá emigrar.
Ante esta situación, algunos equipos del país vecino empezaron a interesarse en él. Primero se habló de Cerro Porteño. Después de Olimpia. Pero en las últimas horas tomó fuerza la posibilidad de que Libertad se quede con sus servicios, incluso ya hay charlas con la dirigencia azulgrana. La idea sería comprar una parte de la ficha.
La opción de compra que San Lorenzo le había impuesto a Guaraní era de 600 mil dólares por la mitad del pase. Sin lugar en la consideración de Mariano Soso, y en plena crisis económica por la pandemia, habrá que ver cuáles son las nuevas condiciones que pide el club para desprenderse del volante ofensivo de 25 años.
Merlini jugó 48 partidos oficiales en Boedo y convirtió dos goles. Sin embargo, su rendimiento fue decayendo (sobre todo después de una rotura de ligamentos) y por eso se marchó cedido a Defensa y Justicia a principios del 2019. Como el Halcón no hizo uso de su opción, apareció Guaraní, donde obtuvo bastante rodaje desde enero de este año. Su contrato en el Ciclón finaliza en junio del 2021.